Kiedy minęły czasy pogaństwa, kiedy chrześcijaństwo przestało być prześladowane i zostało uznane za religię światową, wydawałoby się, że wszystkie różnice powinny zostać rozwiązane. Ale czasami tylko sobory ekumeniczne mogły rozwiązać pojawiające się konflikty, obalić heretyckie nauki - nie było pokoju nawet w Kościele.
Pierwszym Soborem Ekumenicznym był Sobór Nicejski, zwołany w 325 roku. Powodem tego była powszechna nauka prezbitera aleksandryjskiego Ariusza. Jego istotą było zaprzeczenie tożsamości Boga Ojca i Boga Syna. Twierdził, że Jezus Chrystus został stworzony przez Pana, ale nie jest jego wcieleniem. Taka idea zasadniczo obaliła wszystkie dogmaty chrześcijaństwa i dlatego początkowo nauka Ariusza została odrzucona przez Radę Lokalną. Dumny prezbiter odmówił jednak uznania decyzji soboru za prawomocną i nadal zdobywał uznanie wiernych.
Wtedy cesarz Konstantyn zaprosił biskupów z całego świata na Sobór Ekumeniczny w małym mieście Nicea (obecnie Iznik i znajdującym się na terytorium współczesnej Turcji). Niektórzy z obecnych przedstawicieli Kościoła nosili na ciałach ślady tortur,otrzymane w imię prawdziwego chrześcijaństwa. Obecni byli także biskupi wspierający Ariusza.
Debata trwała ponad dwa miesiące. W tym czasie odbyło się wiele dyskusji, przemówień filozofów, wyjaśnień sformułowań teologicznych. Jak głosi legenda, objawienie się boskiego cudu położyło kres kłótniom. Jako jedność trzech zasad podał przykład odłamka gliny: woda, ogień, glina dają jedną całość. Podobnie Trójca Święta jest zasadniczo jednym Bogiem. Po jego przemówieniu z odłamka pojawił się ogień, pojawiła się woda i utworzyła się glina. Po takim cudzie Sobór Nicejski ostatecznie odrzucił fałszywą naukę Ariusza, ekskomunikował go z Kościoła, zatwierdził Credo i ustanowił 20 zasad dyscypliny kościelnej, wyznaczył datę obchodów Wielkanocy.
Ale ta Rada Kościoła nie położyła kresu tej sprawie. Kontrowersje trwały bardzo długo. Nawet teraz ich echa wciąż słychać - arianizm stanowił podstawę nauk Świadków Jehowy.
Oprócz Soboru w 325 r. odbył się również Drugi Sobór Nicejski, zwołany przez cesarzową Irenę z Konstantynopola w 787 r. Jego celem było zniesienie istniejącego wówczas ikonoklazmu. W rzeczywistości cesarzowa podjęła dwie próby zwołania soboru ekumenicznego. Ale w 786 strażnicy wspierający obrazoburców wdarli się do Świątyni Świętych Apostołów w Konstantynopolu, gdzie rozpoczął pracę sobór. Święci Ojcowie musieli się rozproszyć.
Uciekając się do znacznych sztuczek, rozwiązując starą gwardię, rekrutując nowe wojska, Irina mimo to zwołała katedrę w787, ale przeniósł ją z Konstantynopola do Nicei. Jego praca trwała miesiąc, po jej wynikach przywrócono cześć ikonom, dopuszczono je do kościołów.
Jednak nawet ten Sobór Nicejski nie osiągnął w pełni swojego celu. Ikonoklazm nadal istniał. Ruch obrazoburczy został ostatecznie pokonany dopiero w 843 r. na soborze w Konstantynopolu.